本发明涉及农业肥料制备技术领域，且公开了一种含有壳寡糖的功能性肥料制备方法，包括以下步骤：S1、准备原料；S2、混合搅拌；S3、冷却静置；S4、造粒烘干：将混合液倒入造粒机中，通过喷洒装置将混合液喷洒成小颗粒；S5、包装存储。该含有壳寡糖的功能性肥料制备方法，含有壳寡糖的功能性肥料可提高肥料的利用率，减少化肥的使用量，降低环境污染，本制备方法简单易行，操作方便，制得的肥料质量稳定可靠，本制备方法使用的原料来源广泛且价格低廉，使得功能性肥料的生产成本较低，有利于推广应用。