本发明属于专用肥技术领域，具体涉及一种用于井窖式移栽的抗病有机填窖方法及其填窖肥，包括如下步骤：S1、抗病有机填窖肥的制作：具体步骤为：S101：将烟草专用水溶肥与水进行混合均匀，形成基肥；S102：将细土、腐植酸、腐熟有机肥和放线菌混合均匀，形成基土；S103：将步骤S101中的基肥添加至步骤S102中的基土中，形成混合物，完成了抗病有机填窖肥的制作；S2、井窖填窖：利用步骤S1制作的抗病有机填窖肥进行填半窖让烟株尽快发根，烟株移栽后培土上高厢，将井窖一并全部填满，完成烟株移栽管理。本发明确保细度及含水率、减少发病且不损伤苗颈部，井窖式移栽时减少了烟草种植工序，降低烟农工作强度。