本发明公开了一种调控辣椒果实品质的基因MYB3、调控方法和应用，属于功能基因技术领域。本发明所述CaMYB3基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明所述CaMYB3基因在辣椒果实中具有调控辣椒素类物质合成，影响辣椒果实品质形成等作用，所述CaMYB3基因表达受到抑制时，辣椒素类物质合成增加，且相关基因表达量显著上调；所述CaMYB3基因超表达时，辣椒素类物质合成减少，并且相关基因表达量显著下调。利用本发明所述CaMYB3基因，可丰富辣椒果实次生代谢的认知，深入了解辣椒果实品质形成的遗传机制，为实现辣椒果实选择性农艺性状育种提供了理论和实际参考基础。