本发明公开了转录因子CIB3及其编码基因的应用，所述转录因子CIB3为：氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示的广金钱草转录因子CIB3、氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示的人参转录因子CIB3、氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示的三七转录因子CIB3或氨基酸序列如SEQ ID NO:4所示的黑果枸杞转录因子CIB3。黑果枸杞本发明首次发现了广金钱草、人参、三七、黑果枸杞4种植物中的一类转录因子CIB3可以促进植物毛状根生长和膨大，可以用于促进植物毛状根生长和膨大的分子育种中，对培育高产高质广金钱草或甘草等植物的新种质具有重要意义，为植物毛状根的应用提供了可行的方法。