一种短小芽孢杆菌的高密度发酵培养方法与应用，属于微生物发酵技术领域。为了提高短小芽孢杆菌芽孢发酵水平及活性物质含量，本发明以豆粕酶解液为氮源，葡萄糖为碳源，让短小芽孢杆菌快速增殖，在开始形成芽胞后，补加葡萄糖，让芽孢再次萌发形成营养体，然后继续培养至大部分营养体形成芽胞囊后，通过升温处理促进芽孢的形成，以此实现短小芽孢杆菌的高密度发酵。本发明的方法可以解决短小芽孢杆菌发酵芽孢水平偏低的技术问题，提高发酵终点的芽孢密度，而且能够大幅度提高发酵液中脱落酸的含量，从而增强短小芽孢杆菌菌剂在植物抗逆性方面的应用效果。