本发明公开了一种鉴定广东万山群岛斜带石斑鱼原生种的SSR分子标记及其引物组和应用。所述的分子标记ECWS‑01、ECWS‑02、ECWS‑03、ECWS‑04、ECWS‑05、ECWS‑06的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6所示。该SSR分子标记具有多态性高，但在广东万山群岛原生群体中多态性低且高度保守的特点；可以有效区分广东万山群岛海域斜带石斑鱼原生群体与其他群体。还筛选得到能用于扩增上述SSR分子标记的引物组，该引物扩增稳定、重复性好；同时建立了能鉴定广东万山群岛斜带石斑鱼原生种的方法，通过特有等位基因和聚类树判断待鉴定斜带石斑鱼是否为原生种，解决现有斜带石斑鱼地理种群鉴别不清晰，在增殖放流种苗的原生种亲本难于判别的问题。