本发明涉及一种基于自编码器波形形态辨识的配电网故障启动方法。实时采集零序电压波形，使用滑窗对零序电压进行实时记录，获取零序电压窗口波形。搭建自编码器波形形态辨识模型，并使用归一化后的正常运行波形训练自编码器比较波形重构误差，实时采集的零序电压窗口波形归一化后作为输入数据，输入自编码器计算波形的重构误差。比较窗口波形的重构误差和预设误差阈值，识别疑似接地故障事件是否发生。比较波形瞬时幅值，将波形瞬时幅值的最大值与预设幅值比较以排除因负荷投切引起的零序电压波形变化，若波形幅值最大值高于预设幅值，故障启动。本发明利用自编码对零序电压波形形态的辨识捕捉波形的异常形态，能够实现故障可靠启动。