本发明涉及一种光伏发电阵列运行状态评估方法、装置及存储介质，属于新能源发电运行状态评估技术领域。获取待评估光伏发电阵列各个时刻的气象参数和电气信号，得到气象参数数据集和实测电气信号数据集；计算待评估光伏发电阵列各个时刻的理论输出电气信号，得到理论输出电气信号数据集；对实测电气信号数据集进行滤波降噪；分别提取滤波后的实测电气信号数据集和理论输出电气信号数据集的特征，得到实测电气信号特征矩阵和理论电气信号特征矩阵；计算实测电气信号特征矩阵和理论电气信号特征矩阵之间的马氏距离，以表征实测电气信号和理论输出电气信号的相似度，从而准确反映光伏发电阵列运行状态的具体健康等级。