本发明公开一种城市长距离深埋输水隧洞工程选线选址方法，建立工程区地下及地表建筑物位置信息、政府管护范围位置信息的三维数据库，在三维数据库中确定工程可选区域和工程不可选区域，政府部门划定的管护范围以及存在地质隐患的位置为不可选区域；根据输水隧洞的起点及终点，在三数据库中可选区域设计连接起点及终点的输水隧洞铺设的初步路线，输水隧洞铺设在地面50m以下的岩层中；根据输水隧洞与交叉建筑物的安全距离L对输水隧洞局部位置的埋深或走向进行调整；本发明通过深埋输水隧洞的方式，解决了输水隧洞与既有地下管线及市政交通、地表建筑等存在空间冲突的问题，降低了工程报批报建、管线迁改难度，释放宝贵的地表及浅层地下空间。