本发明公开了基于无人机的结构振动监测校正方法、设备和存储介质，其中，所述方法包括以下步骤：获取视频帧中采集目标上已知监测点的时域振动信号，对时域振动信号进行积分与融合，得到第一位移时程信号；根据预设线性回归模型，对视频帧中已知监测点对应的像素坐标转换为位移量，得到已知监测点的第二位移时程信号；确定第二位移时程信号与第一位移时程信号的差值，并通过差值校正视频帧中采集目标其他监测点的位移时程信号，得到第三位移时程信号，并对第三位移时程信号使用模态分解进一步修正，得到识别结果。本发明通过视频帧中某点的已知振动数据进行处理，消除基于视频的结构振动识别中，因无人机飞行引入的扰动影响，提高振动监测的精度。