本发明公开了一种基于陷波滤波器的虚拟同步发电机阻尼控制系统及方法，属于虚拟同步发电机技术领域，目的是解决现有虚拟同步发电机的阻尼控制会影响虚拟惯量的问题，且在多种扰动下的阻尼性能相互制约。所述基于陷波滤波器的虚拟同步发电机阻尼控制系统包括：坐标变换模块；电压电流双闭环控制模块；有功功率控制模块；无功功率控制模块；脉冲宽度调制模块，所述脉冲宽度调制模块输出端连接机组模块输入端；机组模块，所述机组模块输出端连接传输线路及电网部分。本发明在多种扰动下阻尼性能不会相互制约，且不会影响虚拟惯量。