本申请提供了一种变电站通信方法及系统。所述方法包括：与服务端进行握手，获得目标加密套件和目标DTLS协议；基于目标加密套件，根据密钥种子信息生成第一对称密钥；基于目标DTLS协议，向服务端发送密钥种子信息；基于目标DTLS协议构建传输层连接，并向服务端发送构建信息；利用第一对称密钥，对第一数据进行加密，获得第一加密数据；基于传输层连接，向服务端发送第一加密数据，以及接收来自服务端的第二加密数据，传输的数据为IEC103应用层协议的数据。本申请能够在UDP/IP实现应用层协议数据加密传输，提高基于UDP/IP的IEC103协议通信的数据交互安全性。