本发明公开了一种复合微生物菌肥及其制备方法，涉及肥料生产领域，解决了现有技术中因化学肥料施用致使土壤生态环境被破坏以及化肥在农产品中残留的问题。本发明的复合微生物菌肥，包括如下质量百分数的原料：油菜秸秆有机肥70％‑86％，钙镁磷肥8％‑10％，硫酸锰3％‑5％，复合微生物菌粉3％‑15％，复合微生物菌肥是将各原料的混合物与氧化淀粉粘合剂混合后造粒制成的颗粒复合微生物菌肥。本发明的复合微生物菌肥，可减少农户对化肥的过度施用，从而改良土壤结构，调节土壤生态环境，增加土层中有益微生物含量；另外，在造粒时添加氧化淀粉粘合剂，不仅可提高土壤养分和改善作物品质，还可提高造粒率、减少养分流失，延长肥效，保证复合微生物肥料的质量。