本发明提出了一种发酵紫云英复合肥及其制备方法和应用，属于复合肥技术领域，该发酵紫云英复合肥，按重量份数计，包括以下组分：紫云英50‑80份，动物粪便30‑35份，腐殖酸20‑25份，微生物菌剂2‑5份，硫酸钾10‑12份，磷酸氢钙15‑16份，硫酸锌1‑2份，硼砂1‑3份，海藻酸12‑15份，壳聚糖10‑15份。将有机肥、无机肥和添加剂结合，并通过各组分之间的协同作用，再采用微生物发酵法来制备该复合肥，该复合肥养分利用效率高，进一步也提高了水稻的产量。