本发明公开一种适用于超临界流体色谱系统的自动进样器，涉及自动进样器领域，包括依次连接的低压电磁切换阀、注射泵、进样阀、泄压阀和高压电磁切换阀；定量环与所述进样阀连接；色谱柱与所述泄压阀连接；所述高压电磁切换阀还与所述色谱柱连接；所述低压电磁切换阀用于自动切换进入所述注射泵的液体；所述液体为样品和/或清洗液；所述注射泵包括废液出口；所述进样阀包括样品入口或废液出口；所述进样阀通过改变阀门状态切换进样流路或者洗脱流路；夹带剂输入所述泄压阀；超临界二氧化碳通过所述高压电磁切换阀流入所述泄压阀或色谱柱；所述高压电磁切换阀用于控制所述超临界二氧化碳进入的位置。本发明能实现传递样品的两种方式的自动切换。