本发明公开一种高超声速飞行器自适应控制方法、系统、设备及介质，涉及飞行器控制技术领域，该方法包括：判断高超声速飞行器的预设飞行参数是否已知；若是，则基于预设飞行参数和高超声速飞行器的刚体动力学模型，确定状态反馈矩阵分解自适应控制律；若否，则采用高增益观测器对预设飞行参数进行估计，基于预设飞行参数的估计值和高超声速飞行器的刚体动力学模型，确定输出反馈矩阵分解自适应控制律；状态反馈矩阵分解自适应控制律和输出反馈矩阵分解自适应控制律的分母均为单位矩阵与参数矩阵之和，状态反馈矩阵分解自适应控制律和输出反馈矩阵分解自适应控制律均用于控制油门开度和升降舵偏。本发明提高了飞行控制的稳定性。