本发明公开了一种极轨气象卫星微波成像仪资料地理定位误差的估计方法，包括如下步骤：步骤一、对极轨气象卫星遥感资料进行预处理，极轨气象卫星遥感资料包括微波成像仪观测数据以及中分辨率光谱成像仪观测数据；步骤二、选定两个观测区域：观测区域处于具有强烈的亮温差异特征的海陆交界处，并在南、北半球各建立一个；步骤三、在两个观测区域中分别识别出各自区域内的晴空观测视场：基于晴空视场识别算法，识别出各扫描线上连续分布的晴空观测视场；步骤四、分别获取两个观测区域的海岸线计算位置；步骤五、估计地理定位误差。由此可见，本发明降低云污染对地理定位误差估计的影响，提高了地理定位误差估计的准确度。