本发明公开了一种混合交通流的车辆动态并线控制方法及系统。包括虚拟轨迹确定模块、并线区域定位模块、配对条件确定模块、并线车辆配对模块和车辆并线控制模块。虚拟轨迹确定模块确定各主道车辆和各匝道车辆对应的瞬时虚拟轨迹。并线区域定位模块通过瞬时虚拟轨迹确定主道车辆和匝道车辆的交叉点坐标，以此定位安全并线区域。配对条件确定模块通过两辆连续主道车辆对应的瞬时虚拟轨迹与匝道车辆的瞬时虚拟轨迹在安全并线区域内的交叉情况确定配对条件。并线车辆配对模块通过配对条件对主道车辆和匝道车辆进行配对，确定参与车辆并线的主、匝车辆。车辆并线控制模块根据车辆组合中匝道车辆和主道车辆的车辆类型选择相应的控制策略进行并线控制。