本发明属于发酵饲料技术领域，具体涉及一种利用灵芝菌制备的发酵饲料及其制备方法与应用。本发明以酒糟、木薯渣、土豆渣、海带渣、辣椒渣和中药渣等副产物原料为底物，通过对发酵菌株进行筛选、发酵工艺和发酵条件进行优化，利用液态发酵技术，通过扩大利用上述非常规饲料资源制备得到了一种发酵成本低、营养成分丰富的功能性饲料，从而实现可以替代豆粕作为动物饲料的目的，节约了粮食。同时本发明利用灵芝作为发酵菌株，发酵后的产物中包含了灵芝多糖，可以有效的保护动物肠道，维护动物肠道健康。