本发明提供了一种无内毒素的海藻酸钠的制备方法。所述制备方法包括以下步骤：对海藻酸钠原料依次进行动态吸附、液相分离、超声层析、离子置换、化学降解、沉淀过滤、分子透析、干燥成型，得到无内毒素的海藻酸钠。本发明在原有的食品级海藻酸钠原料基础上，去除其含有的杂蛋白、无机盐以及内毒素等杂质，得到一种高纯度的无内毒素海藻酸钠材料，可以应用在医用材料、组织工程领域，开发高端医疗器械、生物制品。该制备方法以过程控制为主，成本较低、产品性能可控，可实现工业化生产，具有较高的应用价值，有望带来海藻酸钠在医药领域的新突破和新应用。