本发明涉及的一种基于柔性钻杆的定向钻孔煤层厚度的测量装置及其方法，它包括定向钻机，定向钻机连接煤岩识别系统，定向钻机连接柔性钻杆，能够在外力作用钻杆通过液压导向器连接钻头，定向钻机和钻头上装有扭矩传感器；扭矩传感器实时监测钻机输出扭矩和钻头扭矩，将相关参数上传至煤岩识别系统；煤岩识别系统根据所述扭矩传感器给出的相关参数进行分析，得出钻机扭矩衰减曲线，智能判断钻头所处位置是否为岩层。本发明运用所述装置所装备的柔性钻杆和煤岩识别系统精准探知煤岩边界，实现煤层厚度的精准测量。