本发明涉及一种变压器元件自互感参数校验方法、系统和存储介质，方法包括：根据待分析自定义变压器元件的基本参数，利用PSCAD软件生成自定义变压器元件的阻抗扫描数据文件；基于阻抗扫描数据文件，利用MATLAB软件进行自互感参数计算，并将计算结果与待分析自定义变压器元件的自互感参数的配置值进行校核，得到校核结果。本发明方法保证了自定义变压器元件在电力系统中的正确配置，解决了PSCAD自定义变压器元件互感测试困难的缺点，有利于提高系统仿真和运行的准确性和可靠性。本发明可以广泛应用于电力系统变压器仿真建模领域。