本发明属于二次回路检查技术领域，提供了一种基于工程文件索引与装置映射的二次回路检查方法及系统，过按照不同地区设计习惯、不同电压等级、不同主接线方式、不同智能变电站配置模式构建标准工程文件索引，针对标准工程文件索引构建标准虚端子，再基于标准虚端子与各个厂家装置出厂配置虚端子进行映射，对工程实例开展二次回路自动检查，有效地解决了当前智能变电站各个厂家虚端子描述不统一、无法使用统一规则进行检查的难题，能够自动发现二次回路问题。