本发明属于评估与识别技术领域，本发明公开了一种沼泽湿地关键生境功能区识别方法、系统及设备，包括以下步骤：获取待识别湿地分布图层数据，对所述待识别湿地分布图层数据进行预处理，并收集用于表征影响沼泽湿地关键生境功能区识别的代表因子；初始化Zonation模型，并以所述代表因子作为输入；所述Zonation模型利用边际损失最小化原则对所述代表因子中所有栅格进行迭代移除，并对移除顺序进行规档，生成用于表示景观优先顺序的嵌套序列；基于所述嵌套序列在所述Zonation模型中建立针对目标保护对象的优先级保护区网络，输出待识别湿地的湿地空间优化级地图；对输出的湿地空间优化级地图进行准确性验证，生成验证结果；根据所述验证结果确定沼泽湿地关键生境功能区。