本发明提供一种实现MBD模型的图形化比较方法、系统及存储介质。该实现MBD模型的图形化比较方法包括如下步骤：S1：获取待比较的两个模型文件，将模型文件中的各层级模型转换为图片，并设置在模型各层级对应的树状图中以控制显示；S2：将相同名称的模型在各层级的对等位置相应的列出；S3：将各层级模型的图片进行模型存储矩阵的简化压缩，得到模型对应的灰度图；S4：比较模型对应的灰度图像素，进行关联模型的可视化处理，并生成模型的图形化比较结果。本发明提供的模型图形化比较方法能够为工程师提供更加高效、准确、便捷的模型比较和分析工具，提高企业整体效率和协作能力。