本发明公开了一种异构多容器集群调度方法、系统、设备及存储介质。该方法包括：根据接收到的登录申请生成权限令牌；基于权限令牌和接收到的服务申请，确定有权访问服务；利用与容器集群代理组件的虚拟网络隧道，得到有权访问服务对应的容器集群返回的响应数据，并利用虚拟网络隧道，在多个不同网络的容器集群间进行数据同步。本发明实施例的技术方案，当用户访问跨网络的容器集群服务时，通过服务器与容器集群的容器集群代理组件间建立的虚拟网络隧道，实现了与相互独立的容器集群的高效通信和信息同步，提高了跨网络调度决策容器集群的准确性和响应速度，实现了跨网络的容器集群间的服务发现和调度，提高了资源利用率和服务的可用性以及可靠性。