本发明公开了一种水泥基渗透结晶型防水材料的制备方法，属于建筑材料技术领域。上述制备方法包括如下步骤：将活性组分A加入水中溶解，加入石英砂，搅拌，静置，加热，得到活性砂；将所述活性砂与水泥、活性组分B、增稠剂混匀，得到水泥基渗透结晶型防水材料；其中，所述活性组分A包括柠檬酸或二乙胺四乙酸中的至少一种，所述活性组分B包括可溶性碳酸盐或可溶性硅酸盐。本发明的制备方法制备得到的防水材料可以具有很好的抗渗性能，同时可以增强混凝土的抗压强度和抗折强度，修补0.85mm宽度的裂缝。