本发明涉及矿产资源开采技术领域，提供一种煤矿巷道充填系统及充填方法，上述煤矿巷道充填系统，包括：充填体高度测量装置、充填装置和监测控制模块；充填体高度测量装置，用于设置于巷道中，以检测巷道中的充填体累积高度；充填装置包括多个充填体储存仓和预混合仓，多个充填体储存仓用于存放不同种类的充填体；预混合仓设置有开设有多个进料口和至少一个出料口；预混合仓通过进料口与多个充填体储存仓均连通，通过出料口与巷道连通；监测控制模块，包括信号采集单元、计算单元和控制单元。本发明的煤矿巷道充填系统，通过充填体高度测量装置对充填体累积高度进行监测，并通过控制单元调整进料速度和出料速度，实现对巷道的自动充填。