本发明涉及海岸带灾害、海洋工程环境监测技术领域，提供了一种海洋工程桩基侵蚀淤积原位实时监测系统的工作方法,包括自然电位电极阵列，数据采集仪，无线传输设备以及供电装置。自然电位电极阵列采用柔性电性特征设计，结构简单，便携，选用碳材料改性的Ag/AgCl电极，通过本发明的技术方案，根据自然电位测量原理，配合无线传输设备，并采用太阳能供电装置，能够对港口淤积情况实时监测，该系统可适用于海岸侵蚀、海上风电桩基、桥梁桩基侵蚀淤积监测。