本发明公开了一种变压器的快速差动速断保护方法及系统，包括：获取当前差动电流采样点及其之前的N‑1个采样点的差动电流采样值；基于当前差动电流采样点及其之前的N‑1个采样点的差动电流采样值判断是否满足差动速断保护判据，获取第一判断结果；基于当前差动电流采样点及其之前的N‑1个采样点的差动电流采样值判断是否满足差流异常大数闭锁判据，获取第二判断结果；当设置CT饱和闭锁接入时，判断是否满足CT饱和闭锁，获取第三判断结果；当所述第一判断结果指示满足差动速断保护判据，且第二判断结果指示不满足所述差流异常大数闭锁判据，且所述第三判断结果指示不满足CT饱和闭锁判据时，保护动作出口。