本发明提供一种基于决策树的APP通信协议识别方法、装置及存储介质，涉及机器学习与信息安全技术领域，该方法包括构建APP通信协议分析系统框架，对APP通信协议分析系统初始化；获取APP通信数据包；对APP通信数据包进行预处理，将预处理后的数据按比例划分为训练集与测试集，并标准化训练集，构建APP通信协议识别分类模型；构建APP通信加密协议识别模型；通过统计信息获取APP通信协议特征值，从中选取关键的特征；通过孤立森林对数据集中的噪声数据进行处理；根据C5.0选择器设置合适的参数对数据集进行测试，实现对APP通信加密协议的识别。本发明方法对APP通信加密协议的识别效果较好，提好了识别准确率与精确率。