本发明涉及纳米人工钼酶制备技术领域，尤其涉及具有高稳定性和耐久性的纳米人工钼酶制备方法。包括：使用恒温水浴锅对钼酸铵胶体溶液进行加热以输出一级纳米人工钼酶溶液，使用振动筛对经过干燥过程输出的固体纳米人工钼酶进行筛分以输出粉末状纳米人工钼酶；基于粉末状纳米人工钼酶的平均纯度对振动筛的第一对应封闭面积进行确定；基于所述钼酸铵胶体溶液的密度确定恒温水浴锅的通风口盖板的工作状态；基于离心机输出的杂质溶液的重量对离心机的进料速度进行调整；使用离心机对一级载体化纳米人工钼酶溶液进行离心以输出载体化纳米人工钼酶。本发明提高了纳米人工钼酶的制备稳定性。