本发明涉及电解制氢技术领域，特别涉及一种PEM水电解制氢系统分阶段的控制方法及装置。其中，该方法包括：获取光伏发电整流系统的第一参数信息；将所述第一参数信息输入到与PEM水电解制氢系统当前所处阶段对应的预先构建好的神经网络控制模型中，得到第二参数信息的权重；将所述第一参数信息的数值与预先设置好的对应规则进行匹配，得到所述第二参数信息的数值；基于所述第二参数信息的权重和数值，对所述PEM水电解制氢系统进行控制。本方案能够适应PEM水电解制氢系统的复杂工况，实现PEM水电解制氢系统安全高效地运行。