本发明公开一种基于MIKE21评估湖泊综合治理成效的量化模拟方法，包括确定评估对象，选定量化模拟区域，确定模型非点源输入和输出边界；收集模拟区域水动力和水质基础数据资料、实测资料，标准化处理；导入地形至MIKE21模型，搭建基础湖泊模型；计算现状污染负荷入湖量，概化非点源为点源；输入模型水动力边界条件，率定验证水动力参数；输入模型水质边界条件，率定验证水质参数；计算湖泊综合治理方案削减的污染负荷，调整已概化的现状入湖污染负荷，运行模型；输出综合治理方案主要点位水动力、水质模拟计算结果，比较现状模拟数据，评估湖泊综合治理成效，选择经济可行的综合治理措施；本发明既提高了项目的经济性，又能达到湖泊预期治理目标。