一种混合式柔性变压器的控制方法，该方法首先计算混合式柔性变压器在不同单位补偿电流下单独进行无功补偿以及三相不平衡补偿的线路降损贡献率，然后以单位补偿电流为横坐标，以线路降损贡献率为纵坐标绘制曲线图，根据由无功补偿得到的曲线与由三相不平衡补偿得到的曲线的相交情况选择补偿方式，若两条曲线存在相交点，则选用综合补偿，合理分配补偿容量以实现系统线路损耗最小化，否则选用曲线图中曲线位置更高的一方进行单一补偿。本发明能够在HDT变流器有限补偿容量情况下通过合理选择补偿策略，最大限度的降低线路损耗。