本发明属于状态估计技术领域，具体公开了一种网络化系统的防窃听安全状态估计方法及系统。本发明方法包括如下步骤：建立网络化系统的模型；建立选择机制筛选需加密的系统量测输出的分量；对筛选出的变量利用加密算法进行加密；利用密钥获得系统的真实量测；利用投影方法设计线性最小方差估计器，获得系统状态的估计值。本发明在进行加密时，只对系统量测输出的部分分量进行加密，有效地降低了加密所带来的计算负担；本发明所设计的加密分量的选择机制，能够保证窃听者无法利用截获的量测输出获得准确的系统状态的估计值，从而保证了系统运行的安全性。此外，对于用户端，本发明还提供了一种利用解密数据获得准确的系统状态的估计值的方法。