本发明提供一种种子发芽处理装置及其处理方法，所述装置包括：固定架；所述固定架上的四组支撑腿上均固定有升降部件，四组升降部件之间固定有隔板，隔板上固定有安装座，安装座上通过螺栓安装有一号电动机；运行三号电动机使齿槽杆下降，使插筒的下端插入到培育筒内的土壤内，控制驱动电机输出轴转动使内杆转动，内杆转动带动轮盘旋转，当轮盘顺时针旋转时，四组活动块在卷簧板的挤压力下向外活动，活动块上的插孔杆伸出，对土壤进行插孔，提高土壤的透气性，防止土壤板结；通过喷淋件中的喷头将水分喷到培育筒内，使培育筒内的土壤保持湿润状态，运行四号电动机使一号杆和二号杆往复转动，使喷头往复摆动，提高水分的喷洒均匀度。