本发明涉及动物标记技术领域，尤其是一种实验动物用智能打耳标装置及其控制方法，包括第一箱体和第二箱体，还包括：第三箱体，所述第三箱体与所述第二箱体合并后对动物耳朵进行夹持；引导针，通过上安装座安装于所述第二箱体的底部；耳标，通过开设的凹槽卡设于所述引导针的外部；光检测组件，安装于所述上安装座与所述下安装座之间；此装置通过光检测组件的设置，使得在打耳标的过程中，通过光检测组件对打孔位置进行识别，通过颜色对比，有利于避免在动物耳朵的受伤位置或骨头位置打孔造成动物受伤的情况发生，从而有利于提高在动物耳朵打耳标时的安全性。