本发明公开了一种表面修饰磁珠及其制备方法和应用；属于免疫技术领域；其制备方法包括：提供纳米级Fe3O4磁珠；纳米级Fe3O4磁珠与硅烷偶联剂反应而带上氨基基团得到修饰氨基的磁珠；修饰氨基的磁珠与醛类化合物反应得到表面修饰磁珠；表面修饰磁珠与壳多糖酶3样蛋白1（CHI3L1）多克隆抗体偶联得到壳多糖酶3样蛋白1（CHI3L1）免疫磁珠；其中上述醛类化合物包括2‑己烯醛。该方法制备得到的表面修饰磁珠，蛋白非特异性吸附量低，免疫磁珠对壳多糖酶3样蛋白1（CHI3L1）的检测灵敏度高。