本发明公开一种全氟聚醚改性硅烷化合物及其制备方法、以及应用，所述全氟聚醚改性硅烷化合物的全氟聚醚链中含有大量的氟原子使其具有较低的表面能特性，该化合物用于基材表面处理时，能够在基材表面形成疏水、疏油、防污等性能的膜层，该全氟聚醚基的硅烷化合物中可水解的烷氧基硅烷分子能与基材表面的硅羟基进行脱水缩合反应形成化学键而结合，从而产生耐久的坚韧涂层，从而提升其耐磨性能。该全氟聚醚改性硅烷化合物可用于表面处理剂使得玻璃、陶瓷等基材具有优异的抗污、抗指纹耐磨损性能，而且本发明中各化合物的制备方法过程简单，易于操作和工业化。