本发明涉及农业生物技术领域，具体涉及一种调控棉花株高、抗黄萎病的GhHIT4基因及其应用。本发明通过组学技术和基因沉默的方法筛选获得GhHIT4基因，可用于培育增加果枝节数、增加棉花生物量、调控棉花株高、提高黄萎病抗性的棉花新种质并在生产上进行广泛应用。GhHIT4的发现和利用有助于培育可调控棉花株高、抗黄萎病的棉花品种，填补了棉花中控制株高的基因应用空白。本发明具有增加果枝节数、增加棉花生物量、调控棉花株高的特点，还可以提高棉花对黄萎病的抗性，对棉花育种中选育高黄萎病抗性和调控株高的棉花品种具有重要意义，可用于矮杆棉花和黄萎病抗性棉花的育种。