本发明公开了粮谷及其制品中隐蔽型真菌毒素的高分辨质谱检测方法，属于仪器检测技术领域，包括以下步骤：S1.样品提取：以乙腈水溶液作提取液，将样品中放入磁性氧化铁纳米颗粒‑纳米笼复合材料和陶瓷均质子后进行冷冻、离心处理后氮吹定容；S2.净化：移取S1所得提取液至净化管中涡旋离心并微固相萃取后过滤；S3.对滤液进行液相色谱‑四极杆‑飞行时间质谱法检测。解决了现有技术中由于真菌毒素的理化性质相差较大以及高分辨质谱检测真菌毒素及隐蔽型真菌毒素的技术欠缺而难以检测的问题，同时解决了传统的前处理方式和检测技术难以适用于几十种常见真菌毒素及隐蔽型毒素的筛查和确证的问题。具有监管范围大，检测效率高的优势。