本发明涉及三维心脏建模技术领域，具体为心脏三维结构重建方法及系统，包括以下步骤：基于患者的心脏医学影像数据，采用图像处理算法，先进行阈值处理，突出心脏区域，再应用区域生长法进行区域划分，并采用边缘检测技术绘制心脏轮廓，生成心脏区域提取影像。本发明中，通过结合图像处理算法和卷积神经网络，心脏区域提取的准确性得到提升，捕捉心脏结构细节，体素建模技术与表面重建技术相结合，使二维图像转换至三维模型时更真实，细分曲面细化算法和光滑处理技术增强模型的几何细节和表面质感，有限元分析和流体‑结构交互分析技术的应用，为心脏生物力学属性和功能状态提供模拟，使得个体化心脏功能状态模型反映每个患者的独特心脏功能。