本发明公开了一种入侵生物多组学数据库构建方法及系统，具体涉及生信技术领域，本发明通过公开资源收集处理得到入侵物种的基础参数信息，以及新闻、论文、书籍、法律法规等科普数据，构建入侵物种生物多组学原始和分析数据集，随后，构建入侵生物多组学数据访问规则，开发数据库网站，标准化收集中国入侵物种基础信息和危害信息，在补充我国生物入侵的物种数量、分布区域、扩散态势、危害水平等这些本底数据的前提下，能够提供多组学的信息存储和相关功能，为野外外来入侵生物调查和生态防控提供技术和数据支撑。