本发明公开了一种分布式磁性纳米粒子成像系统，其包括云服务器和分布式设置的多个磁粒子成像装置，云服务器与磁粒子成像装置通信连接；磁粒子成像装置包括控制器、信号传输电路和磁场扫描仪，控制器通过信号传输电路与磁场扫描仪电性连接；控制器通过信号传输电路发送驱动信号至磁场扫描仪，磁场扫描仪接收到驱动信号后发生磁化反应以产生非线性磁化信号，并将非线性磁化信号传输至控制器，控制器将图像数据传输至云服务器，云服务器基于所有图像数据进行图像重建。本发明通过分布式地部署磁粒子成像装置，将获取的图像数据集中至云服务器处理，实现了数据的远程共享，降低了磁粒子成像这一技术的应用门槛。