本发明属于植物基因靶点技术领域，具体涉及一种菠萝Ca2+/H+反向转运蛋白AcCAX1、基因及其应用。该菠萝Ca2+/H+反向转运蛋白的氨基酸序列包括如SEQ ID NO：2所示序列或包括与SEQ ID NO：2所示序列同源性≥85％的序列。本发明提供的菠萝中的Ca2+/H+反向转运蛋白AcCAX1可通过调控细胞中钙离子稳态，在菠萝水心病过程中发挥重要功能；后期可以利用转基因以及基因定点编辑等分子育种技术培育抗水心病的优质菠萝种质，为培育抗水心病品种提供新的思路和研究方向，切实解决菠萝行业面临的重要问题，促进菠萝产业的经济效益以及快速发展。