本发明公开了水稻生长发育相关蛋白OsD6p4及其编码基因和应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻生长发育相关蛋白OsD6p4及其编码基因和应用。本发明提供的蛋白质为OsD6p4蛋白，可为如下：A1)氨基酸序列是SEQ ID No.1的蛋白质；A2)将A1)的蛋白质经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与A1)的蛋白质具有80％以上的同一性且具有调控植物生长性能的蛋白质；A3)在A1)或A2)的一端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。通过调控OsD6p4蛋白编码基因的表达量，可使水稻生长发育性能改变，为水稻优势品种选育提供新材料，对加快改良水稻品种具有积极的作用。