本发明提供了用于构建橡胶树DNA指纹图谱的MNP分子标记组合及方法，所述MNP引物组合包括600对橡胶树核基因组MNP分子标记的多态性引物，可以应用在国内外橡胶树品种MNP分子标记开发及DNA指纹图谱构建，可以对橡胶树品种进行MNP标记位点差异分析，为橡胶树资源保护利用和鉴定提供理论依据，还能够对橡胶树品种的真实性进行鉴别，区分不同橡胶树类群。本发明的MNP分子标记还具有稳定性好、高通量的优势，可为我国橡胶树知识产权保护提供技术支撑。利用本发明的多核苷酸多态性标记位点进行橡胶树品种指纹图谱分析具有方便、快速、共享性好的优点，能够实现大规模的应用。