本发明公开了一种隧道软弱基底后注浆复合地基施工方法，包括：在隧道基底处标定待放置钢套管的点位，在绑扎仰拱钢筋时，将套设有止水环的钢套管固定于仰拱钢筋上，形成带有止水环的钢套管，在每个点位依次对应地放置带有止水环的钢套管；浇筑仰拱二衬混凝土，固定带有止水环的钢套管；在仰拱二衬混凝土凝固后，进行仰拱填充层浇筑，将带有止水环的钢套管的顶标高调整至与仰拱填充层的顶面平齐；在仰拱填充层凝固后，调整钻机角度，通过带有止水环的钢套管进行钻孔至设计深度，形成注浆孔；以及制备钢注浆阀管、配置注浆材料，使用注浆设备依次对注浆孔进行注浆。本发明可与洞内开挖施工平行作业、同时推进，注浆加固的区域厚度均匀。