本发明公开了一种自适应调整地图颜色降低蓝光危害的方法与系统，所述方法包括：获取原始地图的配色方案，将地图各要素集合颜色的红色、绿色、蓝色分量值作为配色方案的优化变量，根据实际测量的光谱辐亮度和蓝光危害加权函数建立屏幕蓝光危害度量模型；基于图底关系、语义关系和习惯用色规则量化地图的视觉层次质量并建立评价模型；结合地图设色规则将地图护眼优化问题转化为一个双目标、多约束的优化问题，并采用启发式搜索算法寻找全局最优配色方案，利用解出的最优配色方案替换原始地图的颜色。本发明可以显著降低不同比例尺、不同专题的矢量和栅格电子地图对人眼造成的蓝光伤害，同时提高护眼地图的显示质量和绘制效率。